Бекап без 1 папки как?

Зависит от того, как у вас создаётся бэкап.

Если это tar с опцией --nodump, то исключить файлы можно, установив на них флаг nodump.

Вообще, у tar есть отдельная опции -X и --exclude для исключения файлов.

backup-excludes.conf в помощь

архив в тар, насчет опции не знаю, а как установить этот флаг?

При архивировании задать tar'у флаг --exclude dir.

Это я уже нашел

Подскажите как записать эти строки в файл что не писать все подряд

в becup.sh или еще как то? для 20 баз данных

Нашел

Только создается 1 общий файл дампа, если б еще разбивало по каждому сайту.

for db in `mysql -Ne "show databases"` ;do mysqldump $db>$db.sql;done

Сентябрь, только надо учесть, что в этом случае данные доступа к root должны находиться в .my.cnf файле.

for db in `mysql -Ne "show databases"` ;do mysqldump $db>$db.sql;done

Эту строчку в ssh прописать?

Да. В shell.