Низкая скорость записи данных в mysql, как ускориться?

Добрый день!

Есть БД mysql, на текущий момент размером в 7 GB. Таблицы InnoDB.

На начальном, этапе при сборе данных в базу, скорость создания комплектов записей (несколько связанных записей в разных таблицах) составляла 100-130 в минуту.

Сейчас идет пересчет базы, через update. Сначала скорость обработки комплектов записей была примерно прежней 100-130 в минуту, но потом резко упала до 10-20 в минуту.

Причем скорость создания одного комплекта записей меняется от 0,1 сек до 15 сек.

Попытался разобраться с настройкой mysql (файл my.cnf). Мало что в этом понимаю. Cтояли совсем скромные параметры по умолчанию. Поставил

innodb_buffer_pool_size = 6G

Поменял еще пару настроек, остальное не трогал.

Теперь mysql стал использовать больше памяти (с 0,5 ГБ до 1,9 ГБ), но все равно не весь разрешенный объем.

Загрузку процессора не полная (intel core i7).

top - 13:42:57 up 3:58, 1 user, load average: 2.78, 3.02, 3.18
Tasks: 137 total, 2 running, 135 sleeping, 0 stopped, 0 zombie
%Cpu(s): 10.8 us, 5.1 sy, 0.0 ni, 80.2 id, 3.9 wa, 0.0 hi, 0.0 si, 0.0 st
KiB Mem: 16156044 total, 9949348 used, 6206696 free, 864868 buffers
KiB Swap: 8387568 total, 0 used, 8387568 free, 5975988 cached

PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
2886 mysql 20 0 7030m 1.9g 8160 S 104.1 12.1 236:22.69 mysqld

Получается, что раз БД не использует оперативную память, процессоры не загружены, то проблема в скорости записи на HDD? (стоят 2 обычных HDD в raid 1). Не знаю как это проверить.

Можно как-то ускорить процесс? Например, как то заставить mysql сливать изменения на HDD раз в минуту.

Может проблема в чем-то другом и поможет грамотная настройка my.cnf?

Приведу результаты анализа через mysqltuner:

-------- General Statistics --------------------------------------------------
[--] Skipped version check for MySQLTuner script
[OK] Currently running supported MySQL version 5.5.31-0+wheezy1
[OK] Operating on 64-bit architecture

-------- Storage Engine Statistics -------------------------------------------
[--] Status: -Archive -BDB -Federated +InnoDB -ISAM -NDBCluster
[--] Data in MyISAM tables: 4G (Tables: 244) //это другая БД, но с ней проблем нет, 99% операций на чтение
[--] Data in InnoDB tables: 6G (Tables: 27)
[--] Data in PERFORMANCE_SCHEMA tables: 0B (Tables: 17)
[--] Data in MEMORY tables: 744K (Tables: 12)
[!!] Total fragmented tables: 40

-------- Performance Metrics -------------------------------------------------
[--] Up for: 2h 57m 3s (1M q [171.188 qps], 35K conn, TX: 5B, RX: 316M)
[--] Reads / Writes: 84% / 16%
[--] Total buffers: 6.1G global + 2.7M per thread (151 max threads)
[OK] Maximum possible memory usage: 6.5G (41% of installed RAM)
[OK] Slow queries: 0% (7/1M)
[OK] Highest usage of available connections: 11% (17/151)
[OK] Key buffer size / total MyISAM indexes: 16.0M/1.0G
[OK] Key buffer hit rate: 98.9% (73M cached / 808K reads)
[OK] Query cache efficiency: 54.1% (836K cached / 1M selects)
[!!] Query cache prunes per day: 4521356
[OK] Sorts requiring temporary tables: 2% (649 temp sorts / 31K sorts)
[OK] Temporary tables created on disk: 0% (79 on disk / 69K total)
[OK] Thread cache hit rate: 99% (141 created / 35K connections)
[OK] Table cache hit rate: 28% (400 open / 1K opened)
[OK] Open file limit used: 58% (604/1K)
[OK] Table locks acquired immediately: 99% (876K immediate / 876K locks)
[!!] InnoDB data size / buffer pool: 6.7G/6.0G