Главная страница доступна по адресу /index.php или /index.html

Это чревато дублями. ☝

С уважением, ваш Кэп.

И как быть?

Убрать совсем или по меньшей мере не пускать в поиск. Первое лечится, например, htaccess, второе, например, с помощью robots.txt, meta robots и др.

Закройте дубли на своем сайте, через robots.txt, а то еще больше дублей будет.. Спам для ПС это не хорошо.

Спасибо за советы друзья!