А не брешет ли вордстат и вебмастер яндекса?

Сомнения присущи человеку со времён Адама - это нормально. Проиндексированные страницы показывает верно, если промотать список до конца, внешние ссылки брешит, а частотность проверяйте с помощью "ключ", а то и "!ключ" и то сбрешит, но немного.

По поводу количества проиндексированных страниц - веб мастер последнее время глючит. Если сайт маленький, то можно отследить, что на свежедобавленные страницы первые люди уже из поиска Яндекса приходят, в списке Индексирование сайта->Страницы в поиске есть только половина новых, а в Общая информация->Страниц в поиске вообще старое число страниц стоит :)

По поводу количества запросов по ключу у вордстата - если есть сомнения, то посмотрите сезонность. Часто собака именно там зарыта.

По поводу количества внешних ссылок у вебмастера - читайте help http://help.yandex.ru/webmaster/site-indexing/links-to-website.xml#missing-links Лучше сморите их в гугл вебмастере

про фишку с кавычками в запросах я и не знал, разница в цифрах просто космическая

Как правильно смотреть количество бэков по Яндекс.Вебмастер, рассказано тут в картинках: http://yaback.net/tools/wm.html

+ сервис по разбору архива.