Неверный формат документа.

Если под словом "ссылки" Вы имееете в виду "страницы", а неверный формат документа у Вас показывается в веб-мастере, то ситуация, как у меня.

Сегодня получил на это ответ от Я

Cпасибо за Ваше письмо. К сожалению, исключение данных страниц из поисковой выдачи связано с техническими проблемами с нашей стороны. Сейчас они были устранены, страницы вернутся в поиск после следующих 1-2 обновлений поисковых баз.

Приносим извинения за доставленные неудобства.

Единственное, что мне не совсем понятно из ответа - это ручная корректировка для сайта или глобально подкрутили алгоритм и ситуация будет исправляться у всех?

Вы просто слишком верите в ляпы... ну так уж школоло слепило сервис. В ихнем говнобложике было сделано замечание про неправильное их сообщение «неверный формат документа», ну вот они и поисправляли... так что вам эту тему пришлось заводить.

Подобных ошибочных сообщений помню не одно.

Документ отображается браузером, но было что-то типа:

// но в заголовке ответа всё соответствало типу документа. А вот распознавать его они не умеют (а если они в этом признаются, то очень помогут спамерам. Кстате, кому интересно — экспериментируйте).

Поэтому не верьте в эти сообщения, они там по левым мотивам, типа надо не бота усложнить, а мути в ваши головы добавить.