Одна запись относится к нескольким категориям

Да влияет - это очень тупое дублирование. Не допускайте, чтобы одна и та же запись открывалась по нескольким адресам и все они участвовали в поиске. Либо формируйте урл ссылки на запись с одной рубрикой (принимая ее за основную, в других рубриках можно использовать вывод данной ссылки), либо в целом не используйте в урле рубрику (наиболее оптимальный вариант), либо кривой вариант - закрывать от индексации все урлы, кроме основного.

Спасибо, поняла

dle вроде более демократичен в этом вопросе, на сколько я понял за основу берет первую категорию и при переходе на полную новость, в урл прописывается именно первая категория