Два одинаковых сайта у одной компании.

По-моему тут вопрос времени. У меня была практика работы с двумя сайтами (клонами) по разным запросам. Жили себе не тужили около 2 лет, пока один из них не фильтранули, причем, как я понял по стуку в ТП от конкурентов. Пришлось переделывать дизайн, контент - фильтр сняли. Объяснили мне в ТП причину тем, что сайт не нес ценности для поисковой системы. Стандартная отмазка: "Улучшайте свой сайт и Ваш сайт обязательно будет повышен в результатах выдачи". После этого случая больше не делаю клонов, и стараюсь с ними не работать.

Считаю, что можно сделать 2 разных сайта под одну тематику, если это требуется. Но копировать всё в плоть до запятой считаю не целесообразным.

Сайты не склеены до первого стука от конкурентов.

Действительно, если постараться, то можно сделать два совершенно разных сайта по одной тематике и для одной компании.