ТОП запросов без индексов

Что значит топ запросы? Вы можете включить логирование запросов, которые не используют индексы, а затем агрегировать данные скриптом.

Посмотрите описание log_queries_not_using_indexes.

ereality, спасибо, именно это и нужно было!

Это значит нужно запустить pt-query-digest.

Не смотря на то, что этот ответ немного не на тот вопрос, запустить все равно нужно.