Убрал ссылку на сайт разработчика. Как может отразится на самом сайте?

на позициях никак не отразится

да и ссылка эта не обязательная так как сейчас ссылки денег стоят, а если так то это нужно было оговаривать с разработчиком так, как цена таких ссылок доходит до 1000 р в месяц

что собственно через пару лет может окупить всю стоимость разработки (небольшого) сайта.

Для сайта меньше исходящих ссылок только в +, а вот если с разработчиком была договоренность о размещении данных ссылок, а тем более в бумажном варианте, то могут быть проблемы посерьезнее не попадания в топ поисковиков.

нет! даже более. Если проблем с разработчиком не будет то даже лучше. Лишний балласт!

Могут быть качели с компанией, которая разрабатывала сайт.

В моей практике были, когда я разработчиком работал.

com100, негативных никаких последствий, из положительных - статистический вес будет больше на страницах.

Если присутствие ссылок в подвале вашего сайта на сайт разработчика, не оговаривалась в договоре перед началом работ, то можете смело удалять.