Как определить плохие (не нужные) ссылки на сайт?

Плохие для кого?

С нетематических сайтов, нетематических статей, в футере, анкор=точное вхождение ключа, с сайтов где много внешних, если на странице мало текста, если горы рекламы, если кол-во страниц в яндексе и гугле значительно отличается, если сайт не проиндексирован в одной из ПС, если давно не обновлялся, если нет трафика и т.д. и т.д.

Ну тут вы скорее всего мало чем помогли. Это можно модерировать и проверять при наличии 10 ссылкок на сайт. А если их сотни? К примеру всяческие прогоны по каталогам и прочее (которые делались много лет назад). Вот я сейчас решил как-то отфильтровать мух от котлет, т.е. показать роботу с какого сайта стоит ему учитывать ссылки а скакого нет. Но как определить какие плохие для сайта а какие нет? Может есть какие-то сервисы подобные, или что-то в этом роде.

Про футер не очень понял вас, есть пара сайтов где в футере стоит прямая ссылка (типа дизайн сайта...) это плохо? В остальном что вы описали, скорее всего есть в 90% (если не больше) случаев, я думаю это у каждого сайта. Лично за наш сайт могу сказать, что ссылки указывались где только можно (форумы, комментарии и прочее), т.е. ранее целью было поставить как можно больше обратных ссылок на сайт, но теперь чувствую, спустя много лет, этим самым была нажита проблемма на пятую точку опоры сайта... Как теперь с этим бороться?

Для сайта плохие ссылки - неестественные.

Выгружаете все, что есть и проверяете где удобно часть параметров автоматом - кол-во проиндексированных страниц в ПС, кол-во внешних ссылок. Ни один сервис вместо вас качественно не проверит.

Из футера - если это копирайт разработчика - это одно, если купленная ссылка - другое.

Ну вот неестественные, это какие? Как лучше это дело выгружать (многие сервисы почему-то не все ссылки учитывают).

Про футер понял, спасибо. Нет, покупных нет...

Какие неестественные уже писала выше. Выгружайте из нескольких сервисов + wmt гугла/яндекса.