Группировка СемЯдра на основе выдачи. Софт?

В публичном доступе - нет. Только самописные варианты "под себя".

Вы используете данный подход? Стоит потратить силы на создания своего софта?

Пересечения по урлам в топе нет.

Эффективней оказалось делать "как есть". Проблемы из-за неверного распределения запросов с общими переколдовоками это буквально 0.1-0.5 процента от общего числа ключевых фраз.

Кроме того, сами переколдовки и "синонимы" в Яндексе постоянно обновляются, да и топ-10 для анализа уже давно нельзя использовать.:( Это услажняет разработку и поддержку софта.

Если все-таки надумаете занятся таким софтом, то он обойдется довольно дорого и будет требовать постоянных доработок. Хотя, если у вас проекты с десятками тысяч ключевых слов, оно того стоит.

Почему вы думаете, что нет пересечения?

Вот скрин http://www.dropbox.com/s/sdepb4kca7179vz/2013-12-04_190857.png

Что мешает подключить яндекс-xml и парсить ТОП-50?

Я написал в том смысле, что не использую пересечения в топе. Видимо не совсем точно выразился.

Сами пересечения естественно есть.