Редирект на новый домен

301 редиректом

И в панели ЯВ укажите основной сайт.

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^site\.com

RewriteRule ^(.*)$ http://site.org/$1 [R=301,L]

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.site\.com

RewriteRule ^(.*)$ http://site.org/$1 [R=301,L]

Я сделала как написано тут http://habrahabr.ru/post/168471/

На старом сайте в корне .htaccess

Options +FollowSymLinks
RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} robots.txt$ [NC]
RewriteRule ^([^/]+) $1 [L]

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^site\.com
RewriteRule ^(.*)$ http://site.org/$1 [R=301,L]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.site\.com
RewriteRule ^(.*)$ http://site.org/$1 [R=301,L]

и robots.txt с содержимым

User-agent: Yandex
Host: site.org

User-agent: *
Disallow:
Sitemap: http://site.org/sitemap.xml

Работает, сервер перенаправляет на новый домен. Только я не пойму где в Явебмастере указать новый домен, подскажите, пожалуйста.

Посмотрите здесь:

Настройка индексирования ---> Главное зеркало

Там так:

На усмотрение робота

stariydomen.com

www.stariydomen.com

Новый домен там не прописывается.

И не будет. Вам не правильную информацию говорят. 301 и хост выставили и ждите зеркальщика.

А в роботсе пустой Disallow: ни к чему

Тогда просто так ?

User-agent: Yandex

Host: site.org



User-agent: *

Sitemap: http://site.org/sitemap.xml

Значит, в Явебмастере пока ничего не стоит трогать, если я правильно поняла, пока сайт не перетечет на новый домен.

А Вы там и не сможете ничего потрогать :-). Надо месяц-другой подождать

Добавляйте его как новый сайт.