как почистить от хлама CentOS 6

установить ncdu , и с / запустить. Будет наглядно какая дир сколько занимает, и где прячется "виновник".

Часто можно просто использовать команду наподобие

du -am --max-depth 1 . | sort -n -r | head -n 40

Но это дело вкуса.