Перемещение файлов по списку...

Скрипт на каком языке нужен?

csv файл один или свой для каждой папки?

Файлы с одинаковыми именами могут встречаться в разных папках?

Готовый навряд ли, а наваять — обычная задача для администратора. Я бы думал в направлении sh (bourne shell), идеологически самый верный подход.

Вот вариант на php, проверьте хватит ли памяти ) Скрипт работает из любой папки так что можете временно сделать mv в web_secret_directory

<?php
$listfile = fopen('list.csv','rb');
while(!feof($listfile)) 
{
    $row = fgetcsv($listfile, 0, ';');
    $list[$row[1]] = $row[0];
    if (!is_dir($row[0])) mkdir ($row[0]);
}
fclose($listfile);

$handle = opendir('./');
while ($dir = readdir($handle))
    if (strpos($dir, 'papka') !== FALSE)
    {
        $handle2 = opendir($dir);
        while ($file = readdir($handle2))
        {
            if (isset($list[$file]))
            {
                rename($dir.'/'.$file, $list[$file].'/'.$file);
            }
        }
        closedir($handle2);
    }
closedir($handle);
?>