Неправильная переадресация на домен

Изначально получил бесплатный домен 3-го уровня от хостера. Прикрепил новый домен 2-го уровня - все работает. Но вскоре обнаружил, что в поиск попало много ссылок с доменом 3-го уровня. Для решения проблемы решил прописать перенаправление доменов в *.htaccess:

RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.aaaaa\.ru$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://aaaaa.ru/$1 [R=301,L]

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^ccccc\.bbbbb\.ru$
RewriteRule ^(.*)$ http://aaaaa.ru/$1 [R=301,L]

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.ccccc\.bbbbb\.ru$ 
RewriteRule ^(.*)$ http://aaaaa.ru/$1 [R=301,L]

Все то работает, но вместо первого уровня вложенности ссылки, прописывается "index.php":

ccccc.bbbbb.ru/livel_1            ----->   aaaaa.ru/index.php
ccccc.bbbbb.ru/livel_1/level_2  ----->   aaaaa.ru/index.php/level_2

На сайте используется sh404SEF, возможно проблема в нем? Подскажите, как решить данную незадачу, так как теряю посетителей с поисковика.