Откуда Яндекс берёт анкор в сниппет?

Никак. Яндекс автоматически переименовывает урлы. Можно пытаться изменить h1 и т.п. но последнее слово всё равно за алгоритмами.

В том числе учитывает внутренние ссылки на страницы.

Глубоко не копался, если есть сквозняк- то может взять текст сквозняка, даже если на странице нет слова из анкоров.

внутренние ссылки, хлебные крошки, ...

Внутренние ссылки? А какие? А как повлиять? Анкор берётся даже с алта картинок.

Но всё равно, что-то тут не так. Есть сайты, у которых сниппеты просто удивительно правильные.

Да, бывают:

http://yandex.ru/yandsearch?text=url%3Ahttp%3A%2F%2Fhelp.yandex.ru%2Fwebmaster%2F%3Fid%3D1108950

http://yandex.ru/yandsearch?text=url:http://help.yandex.ru/webmaster/?id=1108951

http://yandex.ru/yandsearch?text=url%3Ahttp%3A%2F%2Fhelp.yandex.ru%2Fwebmaster%2F%3Fid%3D1122788

http://yandex.ru/yandsearch?text=url%3Ahelp.yandex.com%2Felement%2Fopera%2Fservices.xml

http://yandex.ru/yandsearch?text=url:help.yandex.com/webmaster/?id=1113851

http://yandex.ru/yandsearch?text=url%3Ahttp%3A%2F%2Fhelp.yandex.com%2Fsearch%2F%3Fid%3D1113649

http://yandex.ru/yandsearch?text=url:help.yandex.ru/webmaster/?id=1079306

http://yandex.ru/yandsearch?text=url:help.yandex.ru/webmaster/?id=995300

посмотрите у сливинского на бракомаркете

Получается, что это действительно так. Как частный случай - это одинаковый тайтл, заголовок и ссылка и всё будет как надо.