Чем проверяете позиции ?

Всмысле? Я для регионов нормально статистику снимаю, проблем не заметил

там при выборе поисковика указан только яндекс москва, если и есть место куда можно запилить код региона, то оно шикарно спрятано

Так и не понял, чем SERP Parser не устраивает?

По-моему, идеальный вариант

Проверяла ручками поцизии в гугле и всякими другими сервисами на протяжении нескольких недель. Остановилась на site auditor'е. расхождения получились незначительные. Потом проверила на ноутбуке и увидела абсолютно другие цифры. Почистила везде кеш, куки и снова проверила. Данные на 2х компах совсем разные, и эти цифры не +- 1,2.. Опечалилась я совсем. Как проверять позиции не понимаю, учитывая, что гугл постоянно экспериментирует с выдачей на разных серверах..

Не не не. Смотрите:

1. Заходите на сайт: allpositions.ru.

2. Создаете новый проект

3. Нажимаете создать отчет. и там есть две строчки Добавить Яндекс и добавить Google и выбираете нужный вам регион. а Москва это скорее всего для быстрого выбора стоит.