Полностью пере индексировать сайт, как?

Canonical настройте, несуществующие проверьте, чтобы 404 отдавали.

Никак не уберешь. Если реально висят в серпе (а не числом "с потолка" вверху по сайт:ххххх) то только ручками удалять урлы через ГВМ.

И как говорилось выше, настройте нормально 404 а то может еще редирект на главную есть?

В этом случае лучше 410-ошибку отдавать, а не 404

Из кардинальных решений - закрыть индексацию, потом открыть.

1) Это когда страниц тышшы, а дублей тыш 500.

2) если не устранишь причину все вернется.

Есть инструмент в WMT -> посмотреть как гуглбот -> главную (ничего не вводим) -> отправить в индекс страницу и все, связанные с ней.

Всё равно быстро неполучится это вам не яндекс разом выплюнул пол сайта потом новые страницы скушал)

Помоему для гугла 404 и 410 идентичны, или они врут?:)