выдача и popup

Лично я сайты с такой гадостью сразу закрываю. Будь то рекомендация зарегистрироваться, или просьба подписаться.

Так что не стоит отпугивать посетителей. И на выдачу может повлиять, при ручной проверке сайта.

Это отразится вначале на поведенческих факторах, время задержки посетителей уменьшится, уменьшится и глубина просмотра. Следовательно и в выдаче скорее всего просядете.

Сделайте какой то более гуманный или более хитрый способ подписки.

Многие серьезные сайты используют это. Ничего страшного, думаю.