По Питеру - ок, по Москве - не ок

Какая тематика сайта?

Где спрос больше в москве или в питере?

Есть ли на сайте адреса офисов Московского и Питерского?

Ссылки какого региона покупаете Москва или Питер? Какое качество эти ссылок?

По умолчанию регион сайту присваивается только один. 7 регионов можно настроить если вы в ЯК. Проверьте внешними сервисами...

Может в Москве конкуренция больше? Не?

Присоединяюсь. В Москве на раскрутку вкладываются совсем другие бюджеты. Проанализируйте конкурентов из топа, и поймете.

В 50-100 раз больше?

Логика такая.

Если по запросу "А" в Питере на 5 месте, а в Москве на 95, то в Москве больше аж на 90 фирм, у которых сайты "лучше"?

Вряд ли только в этом причина. Значит - дело в формуле (коэффициентах), то есть в регионе Москва больше вес имеют другие факторы, нежели в Питере.

На откровения не надеюсь. Надеюсь на чтение "между строк" :)

а как в вебмастере могло быть присвоено 2 города? обычно присваивается один, а если сайт ориентирован на 2 или более городов, то ставится автоматом в вебмастере регион- Россия или тот федеральный округ, в котором все города находятся.

может и это же, пока официальной инфы не было какие факторы ранжирования в Питере, Москве или Мухосранске

то что Москва намного конкурентнее - это неоспоримый факт, не забывайте, рядом с Москвой есть еще огромная Московская область, котороая тоже двигает товары в Москву

Покажите скрин двух городов в ВМ

Зачем все эти вопросы? Тематики, скрины... Чем они вам помогут? Давайте смотреть шире на ситуацию.

C помощью этого модуля Вы можете определить и сравнить объем текстов и количество/плотность вхождений указанных Вами ключевых слов.

seolib.ru/script/textinspect/

Делайте всё также как у конкурентов, и будет вам счастье.

Далеко пойдете... )