Как Друпал работает с сабдоменами?

Да нормально, есть специальный модуль для этих целей, если мне не изменяет память, то называется он "domain access"

Поддержка мультисайтинга есть и из коробки http://habrahabr.ru/post/133086/

Plazik, прав.

Необходимо не забыть в конфигах указать еще и cookies_domain правильно в виде ".domain.com", чтобы одни и те же куки работали на всех поддоменах.

Сабдомены (регионы) лучше делать в одной базе или в разных?