Как определить на стороне php поисковый зарос, по которому был переход из выдачи?

Так и определять, как Вы выше написали. Другого варианта - нет, разве что ЯваСкриптом передавать серверу(специальному скрипту) тот же реферер(так счётчики посетителей работают). Тогда будут отфильтрованы роботы.

Это в случае когда переход идёт с https://.

У меня даже Google Analytics бОльшую часть запросов не может определить.