Позиции сайта изменяются по синусоиде

Это частично ответ, а точно надо смотреть сайт. Халява она как птица счастья, то прилетит, то улетит.

Существуют автоматические биржи, принципиально отличающиеся от rookee?

Принципиально, все автоматические биржи зарабатывают основные деньги на халявщиках, а интерфейс у всех разный.

Принципиально - нет.

Но, например, Сеохаммер отличается и от рук, и от пульта.

Но с таким разлетом ищите причину не в ссылочном.

Имеет смысл разделить бюджет между несколькими автоматическими биржами для снижения рисков или толку от этого будет мало?

Толку будет ноль. :)

Чтобы работать с несколькими агрегаторами одновременно, нужно иметь определенную сноровку.

Нужно настраивать систему, чтобы не покупались ссылки на одних и тех же сайтах, но в разных агрегаторах.

Нужно следить за анкорами, за бюджетами на запрос и прочее.

Если проект большой, то справиться бывает сложно даже с одной системой, а не то что с некоторыми.