Связан ли медленный рост позиций сайта с яваскрипт анимацией?

На молодые УГ (унылое гов?*но) яндекс именно так и реагирет, что вас смутило? Пол годика подождите, пару человек с поиска будете иметь.

Меня конкретно отношение Яндекса к такой анимации интересует, всё остальное активно дорабатывается

Если не ошибаюсь, то скорость работы сайта никак не должна влиять на положение в поисковой выдаче. Тем более скрипты у вас в noindex прописаны :)

Яндексу пофиг на всякого рода скрипты, если они несут пользу конечному пользователю.