Индексируется ли текст в попанере?

В зависимости от реализации. Если отдельный документ, открывающийся в новом окне, то почему бы и нет. Если приблуда на JS, то нет. Если в скрытом диве, то вместе с остальным содержимым документа.

Про влияние ничего не скажу, но велико подозрение, что негатив перевесит.

Это понятно, что реализация разная, берем только те, в которых с технической стороны может индексироваться контент.

Я не уверен что эффект будет отрицательным, ничем подкрепить не могу эту мысль, просто так думаю.

Есть кому ещё что сказать?

Вы бы пояснили, что именно хотите сделать. Тогда возможно и ответ будет более расширенным.

Ну к примеру так:

заказать размещение рекламы в попандере, ссылки проиндексируются с текстом, возможен ли рост позиций?

Ещё что-то было в голове, но мысль потерялась...

При этом раскладе все документы с попандера будут с одного домена скорее всего. Хоть и показываться будут на разных сайтах.