Все страницы - в корневой директории?

Нет, не повлияет ни на что.

А зачем тогда делать такие рекомендации?

Просто так? Навряд ли... Основания какие-то были, наверно.

Скорее всего, автор начитался древних западных tutorial'ов по SEO, или их бездумных переводов. Когда-то давным-давно, когда АлтаВиста была большая и важная :), она обращала внимание на файловую структуру сайта - чем ближе документ к корневому каталогу, тем важнее он считался. Те времена давно прошли, а вот советы эти всё еще кочуют с сайта на сайт.

А, ну значит знающие люди писали, своих секретов не раскроють :)

Полностью согласен с туляками, может когда-то это играло роль, но сейчас это совсем неважно.

P.S. Так зачем в корнях то закапывать, лучше сразу на крону вешать, чтоб издалека было видно :)