настроить .htaccess

Зависит от того, как определять, разрешённый ли dubl...

Если в dubl.. нет знака равно - редиректим на корень/

RewriteCond %{QUERY_STRING} !.\=
RewriteRule index.php /? [R=301,L]

Можно явно указать только разрешённые QUERY_STRING - остальное всё редиректить на главную.

RewriteCond %{QUERY_STRING} !^(categoryID|pageId)
RewriteRule index.php /? [R=301,L]

Оба метода - для index.php

---------- Post added 01-08-2012 at 18:12 ----------

В смысле, если нужно для URL-ов вида site.ru/?categoryId=3

вторую строчку каждого варианта заменить на

RewriteRule ^$ /? [R=301,L]

RewriteCond %{QUERY_STRING} !.\=

RewriteRule index.php /? [R=301,L]

RewriteCond %{QUERY_STRING} !^(categoryID|pageId)

RewriteRule index.php /? [R=301,L]

RewriteRule ^$ /? [R=301,L]

По первому а если дубли будут вот такими

index.php?productID=1906=12345

т.е. дубль вот этой страницы

index.php?productID=1906

то первый вариант уже не прокатывает так ?

index.php?productID=1906=12345 лечится

RewriteCond %{QUERY_STRING} ^productID=(\d+)\D
RewriteRule ^index.php$ /index.php?productID=%1 [R=301,L]

По посту №2 по первому варианту идет редирект на главную без www и тупо сайт не открывается :(

RewriteCond %{QUERY_STRING} !^$

RewriteCond %{QUERY_STRING} !.\=

RewriteRule index.php /? [R=301,L]

siv1987, а можете разъяснить каждую строчку ?

первые две - условия, по которым сработает третья (редирект).