Подскажите в чем проблема?

Да нет, сайту +- 3 года, за долго до "известных" фильтров, которые "вылезли" в апреле вообще ничего с сайтом не делалось. Возможно это и произошло из-за старых грехов (прогоны и всякая такая муть), но ведь это было очень давно, убрать эти ссылки нет возможности, вот и спрашиваю что можно предпринять.

Под фильтр гугла не попадал, но где то тут или на супре (уже не помню точно) обсуждалось что 301 редирект может помочь! Не факт и не утверждение - но попробовать можно!

К примеру редирект с главной без слеша на страницу а слешем ваш сайт.ру/, или наоборот, в зависимости от того что у вас в поиске выдается.

Скажем так. неоднократные ответы на похожие вопросы в ВМТ гугла звучат как вы нагнали ссылками трафик пришел пингвин и отодвинул сайт туда где и должен быть.

Этот фильтр называется Панда, имхо. У Вас Панда и смотреть нужно не ссылки а внутренний контент и структуру сайта + seo-спам-нарушения на сайте.

А Повторяющееся метаописание могло вызвать такую проблему? Просто сайт на ДЛЕ, а это у них беда, гугл находит кучу дублей непонятно каким образом, я даже не знала что у меня ссылки такие есть :) Вобщем 3 недели назад исправила все описания и тилы, по вебмастеру ничего не обновилось, есть методы ускорения этого процесса?

Это стопудово "оно"! Причина фильтра. Удаляйте, переиндексируйте и подавайте на пересмотр. Еще удалите все страницы с малым количеством контента, меньше 2000 символов.

Не, я всё понимаю, но это тут при чем?

Я точно не знаю причину. Почему-то влияют. Может, по мнению гугла - мало ценности. Но при Панде неоднократно помогало - факт.

Может, конечно, быть страница 500 символов, но большая инфоценность - такую удалять естественно не надо. Например, страница Контакты.

насколько я понимаю этот фильтр также может наложиться на сайт у которого есть дубликаты контента. Например на DLE я насчитала более 4х страниц с одинаковым контентом. Вот теперь интересно, 301 редирект с дублей страниц на основную решает проблему?

Решает конечно. Но главное закрыть причину появления дублей.