Ссылки в индексе, а в вебмастере их нет...

В вебмастере могут быть не все ссылки или просто ждите обновления.

Ну вопрос в том, учитываются те, что проиндексированны, или будут учитываться только после того, как в вебмастере появятся?

Учитываются все. И те которые проиндексированы, и даже те которые не проиндексированы, но схвачены быстроботом. Так что не парьтесь, со временем появятся ваши ссылочки в WMT. Всё это моё личное мнение или как сейчас модно ИМХО.

Да мне в общем-то не важно, есть они в WMT или нет, важно было понять учитываются ли до появления там или нет ;-)

Как пишут чтобы не было манипуляций с ссылками в ВМТ, их не показывает сразу и оценить не возможно качество.

Ну так всегда можно посмотреть кеш и увидеть в индексе ссылка или нет...