Если мне сделали сайт и я расчитался за него, могу ли я его клонировать на своем

Вместе с покупкой сайта, вы покупаете и контент, и всё оформление, и копирайты Ваши, а следовательно, вы можете сделать хоть 100 одинаковых сайтов и ничего противозаконного в этом нет, если, конечно, сайт был сделан не по шаблону.

и если иное не обговорено в договоре.

спросите у того с кем расчитывались

Если это Ваш сайт, то почему нет? Только вот поисковики нелюбят одинаковые сайты.

Изготовители уверяют что там была применена ноу-хоу в СМS и я не имею права его кланировать даже для собственных нужд, а не для перепродажи. Правы ли они?

Если был договор с разработчиком и в нем оговорено, что клонировать сайт нельзя, то разработчики правы ИМХО

так нет никакого договора

У меня в договоре еть такая строка:

СКОРПИОН, это касается движка и это логично.

Но контент и дизайн однозначно должны быть собственностью заказчика.

Если Вы купили копию MS Windows XP имеете ли Вы право клонировать её по всей локальной сети?

Скрипт CMS является ПО ничуть не хуже любого другого ПО. Обычно дизайн становится Вашей собственностью, а скрипты Вы лицензируете для использования.

Исключения возможны и всё зависит от лицензии.

Бывают лицензии на одну копию, бывают безлимитные лицензии для покупателя, а бывают вообще пермиссивные типа лицензии BSD.

Если договора как такового не было, то в суд на Вас никто не подаст, но если Вы хотите поступить по правилам, то стоит согласиться с разработчиками.