По поводу закрытия от индексации

Можно, но если сами же рекламодатели не против. На счет закрытия счетчиков и кнопок, то запретов нету, то есть можно.

А как вы собираетесь это делать?

И как проверите, что они не индексирутся?

А зачем? Они вам мешают? Посмотрите, например, код серча - все стоит без изменений

А вы видели в коде какого-нибудь мегапроекта src="чужой домен" ?

Таки да, а почему нет? Например, http://www.artlebedev.ru/

Одноклассники мегапроект?

Одноклассники - ГС, сёрч - мегапроект ☝

Ну посмотрите на подсказку сеошников Яндекса, прямо на морде:

style="background-image: url(http://www.tns-counter.ru/V13a*

Если ваши скрипты в отдельном файле, то можно туда и счётчики тоже.

подскажите, как скриптом ссылки спрятать ненужные или не скриптом, а как-нить, чтобы поисковики не видели ссылки как ссылки

Сначала прятал в noindex счетчики, коды партнерок, код адсенс и др. Сейчас скажу так, если ява-скрипт, то и не фига его прятать. Если обычная html ссылка, то обязательно прячте в noindex (так на всякий случай) ! 😆