ошибка 404

Реальные ошибки 404 всегда есть и будут на сайте. Я не беспокоюсь по этому поводу.

А где слышали про 404?

Если в вебмастере пишет, что ошибка 404, значит там же можно посмотреть, что это за страницы.

Если на своем сайте вы изменили адреса страниц, то со старых страниц поставьте 301 редиректы.

Если просто удалили страницы, то лучше сделать код ответа сервера не 404, а 410, поскольку 404 означает - временно недоступно, а 410 удалена на всегда, тем самым после того как бот получит 404 он еще будет обращаться к этому адресу несколько раз и ошибка будет висеть в логах, а после получения 410 по идее должен удалить этот адрес из базы.

Но кстати даже с 410 ответом в вебмастере он вас знакомит со списком этих страниц.