Как Яндекс относится к блокам display:none.

Если у бабушки... то она будет дедушкой (с)

Мне пофигу, я использую такие блоки и отказываться от них не собираюсь.

overflow:hidden;height:0px ))))))))

По моему, самое простое решение - вынести любое из правил в класс и применять его. А класс обозвать поневнятнее. И запретить индексировать всю папку со стилями в robots.txt. Просто не использовать CSS в рамках атрибутов тегов, только через отдельно загружаемую таблицу стилей. Это и для чистоты кода лучше, и для спокойствия надежнее.

По крайней мере за 8 лет эксплуатации приема с заменой текста картинкой фоном в блоке с text-indent: -6000em еще ни разу пенделей за это не получал. Также, как и за вывод CSS-меню и прочие приемы. Пишите чистый семантичный код и все будет нормально.