Как с индекса яндекса удалить 5000 страниц?

Для начала пропишите в robots.txt запрет индексации этих страниц (возможно всего сайта). Потом дождитесь обхода роботом.

А может есть какое-нибудь средство автоматизации?

Нужно порядка 2к страниц как можно скорее убрать из индекса.

для быстрого удаления можно сделать так

1. зарегистрировать сайт в Яндекс Вебмастере, если его еще там нет

2. перейти по ссылке http://webmaster.yandex.ru/delurl.xml

3. выполнить условия "Для удаления необходимо, чтобы при запросе указанного URL сервер возвращал код ошибки 404 или индексирование страницы было запрещено в файле robots.txt, либо метатегом noindex"

4. ввести конкретный урл в форму или шаблон для группы урлов. например, нужно удалить все страницы из папки "папка", тогда указываем "http:\\сайт.ру\папка\*".

serge77, спасибо за идею с шаблоном, попробовал так удалить - к удалению принял Яндекс, посмотрим, что будет.

у меня в своё время срабатывало.

Dreammaker, будем надеяться, что и сейчас это работает.