Как оплачивать счета от Яндекса при УСН?

Странно что бухгалтер возмущается. Если счет выставлен с НДС, то и оплачивать вы его должны с НДС. Просто если бы вы были плательщиками НДС, то потом уплаченный НДС могли бы взять к зачету, при уплате своего НДС, а так как неплательщики, то просто уплаченный по счету НДС взять к зачету не сможете и все.

Да, я оплачиваю его с НДС, полностью - это ясно.

Но должен ли я выделять НДС в платежке, у меня в банкинге стоит развилка:

Указать: с учетом НДС | НДС не облагается.

Просто вижу в сети совершенно противоположные трактовки.

То, что ваш бухгалтер возмущется не просто странно, а даже смешно. В этом вопросе даже не требуется вдаваться в подробности агентского договора (от чьего имени вы выступаете и за чей счет). Счета, которые вы оплачиваете, являются вашим расходом и ни о какой обязанности исчислить с этих сумм НДС не может быть речи. Независимо от того, выделен он или нет, вы его уплатите поставщику. Здесь может возникнуть только право на вычет налога, но вы его не зачтете ни при каких условиях. Риск выделения в платежке НДС для вас равен нулю.

Опасения могут возникать только в отношении платежей, которые приходят вам на счет с выделенным в платежках НДС.