Стоит ли менять сразу все ссылки?

Нужно было думать об этом изначально. Реструктурирование сайа всегда геморойная задача, но выполнимая. В лучшем случае без потерь.

Вы вопросы читаете или посты набиваете???

Не накажут. Это правильный способ.

Просто хочу упорядочить данные, и в ссылках прописать принадлежность товара к категории

Получается есть 3 выхода

1.ничего не менять опасаясь последствий

2.поднять новый домен, и там всё сделать правильно (может быть)

3.поменять с использованием 301го редиректа надеясь на разумность поисковиков

Третий вариант будет выбрать правильно? Возможны просадки в позициях на время переиндексации?