Продвигаем внутряк. Имеет ли смысл ссылочое и на главную ставить?

зачем? так главная имеет изначально больше веса, чем внутряк, то вполне ожидаемо, что в выдаче будет именно главная. Затачивать под определённый запрос нужно конкретную страницу

Безусловно да.

для естественности ссылочного + прокачки всего домена по теме.

если все анкоры типа "балалайки хохлома" идут на внутреннюю, то это может быть не совсем естественным. можно допустить, что при естественном ссылочном, "балалайки хохлома" будут ссылаться и на главную.

это не нужно для НЧ, но все что выше, может имеет смысл?

к примеру, сайт музыкальных инструментов.

главная заточена под музыкальный инструменты, магазин музыкальных инструментов.

а "балалайки хохлома" является конкурентным запросом.

и чтобы не долбить только во внутряк, мы немного долбим и в главную, тем самым показывая "естественное ссылочное", указываем на том, что домен интересен по балалайкам хохлома и соотвтетсвует этому запросу. тем самым поднимаем не главную по балайкам хохлома, а внутреннюю.

просто разбавляем увеличивая эффективность и сокращаем тем самым бюджет.