Будут ли проиндексированы страницы?

Будут. А с чего вы взяли, что нет ?

Я в принципе и предполагал, что Да, но скорей всего у такой ситуации есть недостатки. Вот и хотелось бы узнать - в чем можно потерять?

Ответ: Да, будут. ;)

Для индексации недостатков нет. А оценивать ситуацию с другиз строно хлопотно, но как минимум рост PR анутренних будет меньше, чем если бы были ссылки с главной. Вариантов много.

1) так где стоят ссылки и куда они смотрят? Если есть ссылки с проиндексированных страниц любого сайта, то скорее всего проиндексируется.

2) У Рамблер-поиска есть способность находить новые посещаемые страницы по счетчику Top100.

Яндекс почемуто не индексирует все страници, тока главную. Форуму пол-года. Глянте плиз почему? Форум тот вот: http://intercar.mybb.ru/

intercar, может Вам стоит переложить его на нормальный платный хостинг.

У меня страницы индексируются и без абсолютного пути.

ссылки на внутряки: a href=имя страницы

и все нормально индексируются в Я.

Должны :)

Препятствий особых нет.