Страницы сайта не включены в индекс из-за ошибки 404

Проверил выборочно эти ссылки в браузерах - 404 Not Found. Так что Яндекс тут ни при чем.

У вас если ссылка в таком виде:

http://www.internetmagazinsmolensk.ru/c/19/internet-magaziny-avtozapchastej-i-avtotovarov-v-smolenske.html

то работает.

А если просто категория

http://www.internetmagazinsmolensk.ru/c/19/

то ошибка 404

Все ссылки именно в таком виде:

http://www.internetmagazinsmolensk.ru/c/19/internet-magaziny-avtozapchastej-i-avtotovarov-v-smolenske.html

мне кажется в cms дело. Написана криво стало быть. поменяйте cms и посмотрите результат, можно даже на альтернативе