Возможное решение с аффилированием

Далеко не факт, я бы даже сказал, что не займет.

вряд ли займет

ссылочное очень хорошее у сайта который заафилировали, ссылки стояли более 4-х лет и очень не хотелось бы их терять.

Ждать 2-3 месяца в надежде что фильтр снимут тоже дороговато получится, и еще не факт что снимут.

Какие есть варианты выхода?

Доступ к сайту А есть? Закрывайте от индексации, должно помочь.

Да доступ есть само собой.

Вообщем закрывать сайт B" через роботс и склеивать его с новым доменом - получается единственное решение?

А возраст нового домена будет иметь значение?

Не "В", а "А".

Зачем терять много беки, когда можно просто отказаться от сайта "А"