Доброе утро.Есть вопрос.

должен, в последующих апдейтах

Доброе утро. Хорошо бы тему еще как-то понятнее и ближе к теме называть

За такой сабж (неинформационный) надо наказывать :(

Да я даже не знаю что и выдумать))))

Яндекс не равно гугл, для Я. главной может быть и site.ru/index.php, если это так, то все хорошо.

А что же здесь хорошего если он не будет видеть морду с 3-им ПР...?

По барабану ему ПР. У него свой метод оценки веса страницы.

1. Не ставьте ссылки на дубли морды

2. Если уж так получилось, то

if (preg_match("/index.php$/", $_SERVER['REQUEST_URI'])) 

   header("Location: /");

404 заголовок по вкусу +)

if (preg_match("/index.php$/", $_SERVER['REQUEST_URI'])) 

   header("Location: /");

Простите меня,но я не знаю куда этот код ставить)

Во-первых, этот код будет отдавать 302 responce code, а не 301. А 301 в таких делах лучше :)

Во-вторых, в яндексе по редиректам вес ссылок не передаётся, насколько мне известно.