Влияет ли большое число "пустых" ссылок на индексацию?

Здравствуйте.

Есть сайт с большим числом страниц. При генерации sitemap, получилось около 400.000 ссылок.

Но примерно 40% ссылок ведут на главную страницу.

Итак, вопрос:

Может ли это серьезно ухудшить индексацию сайта?

После загрузки sitemap прошел месяц. Yandex пишет: «Загружено роботом – 2000 страниц, страниц в поиске - 900» Число страниц в поиске колеблется около этого числа уже около 2-х недель.

Кому интересно, почему 40% ссылок ведут на главную страницу, поясню:

При переходе внутри сайта из одной рубрики в другую, если в последней нет данных, то всплывает окошко «Нет данных». Но при этом, в строке браузера появляется ссылка на этот пустой раздел. В sitemap вошли все эти самые «пустые» ссылки, при переходе по которым открывается главная страница сайта, и всплывает окошко «нет данных»

На сколько вся эта путаница ухудшает индексацию сайта?