site.ru/ и site.ru/index.php для Яндекса считаются разными?

По умолчанию разные. Возможно(обычно), что из яндекс склеит, тогда будут одинаковые. А так разные.

Alexpr, разными, пока Яндекс их не склеит

Но лучше перелинковывать все страницы сайта с главной вида http://www.site.ru/ для подстраховки. Правильно я понимаю?

Правильно. Желательно не использовать ссылку на http://www.site.ru/index.php

хост прописать в роботе.тхт

обычно помогает.

Обычно помогает при проблеме с www и без. Здесь, насколько я понимаю, немного другое.

Alexpr, ну и сделать 301 редирект, если юзверь спрашивает index.php например, на корень /

page1.hrml и page2.html разные ж :), это ж человек знает, как он настроил Апач

можно ж индексной страницей поставить yandex.php, к примеру :)

FlyAway, но редиректами тоже лучше не увлекаться!

Alexpr, например? :)