Как такое может быть?

Вы не слышали про геозависимые запросы и региональный поиск?

Вот тут Сергей Людкевич (ака Wolf) рассказывал, что у Яндекса разные формулы ранжирования по регионам "Россия" и "Москва".

Так что может. А как исправить - обратиться к гуру, которые могут работать с такими "тонкими материями".

Это уже нанотехнологии СЕО - их так просто не спалят.

Про геозависимые запросы слышал. Разная позиция в разных регионах меня не смущает. Хочу понять почему у разных регионов разные релевантные страницы(уже нашел 3). И вроде бы главная страница оптимизирована под этот запрос, а остальные две скудного содержания.

По-моему это глюк какой-то, если не ошибаюсь конечно. У меня как-то по основным запросам, под которые главная оптимизировалась, выскочила не главная страница в результатах, а главной вообще не было, да и не главная эта была далеко не в начале. Через несколько дней все наладилось. Быть может эта информация будет вам полезна...

Релевантность в вашем понимании и в понимании яндекса это две большие разницы.

Я тут недавно нашёл у себя и у партнёров несколько страниц, вылезших в топы вместо заточенных, из-за одной-двух говноссылок (видно по "найден по ссылке"). Тематика и текст страниц вообще под другие запросы и "релевантные" (заточенные по запрос) страницы есть на сайте и в индексе/выдаче, но вылезают они по другим, смежным запросам.

На те две внутренние страницы вообще нет ссылок(не закупал)!

Я вообще ссылки практически не покупаю, юзеры сами ставят :) Это лишь одна из иллюстраций к фразе -

Везет Вам:) Мне это не грозит. И все таки ссылок нет.

А проблему как-то надо решать... Перебросил ключевое слово в конец тайтла. Авось поможет.

Может не "ломать" Яндекс, а продвигать ту страницу, которую он считает целевой?

У него их много(в разных регионах разные), а у меня одна:). Тем паче, что выбранные им страницы это "карточки" товаров.