Структура многоязычного сайта

Если есть возможность, я бы разнёс в разные зоны, т.е. ru, com, eu и т.д.

Если нет - сделал бы для каждого языка отдельный субдомен. Главную (и с www и без) сделал бы общей.

Хотелось бы что-то вроде папок en de внутри корневой директории

Romero79! Физическое и логическое размещение - это две разных вещи. Физически всё может лежать хоть в одной папке, а логически настроите структуру сайта через .htaccess так, как Вам нужно.

Где угодно, включая даже их полное отсутствие (я бы именно так и делал - построил бы на шаблонах сайт, и при указании языка подставлял бы информацию в шаблоны из разных источников).

Но если

то почему бы и нет? Но тогда не понимаю в чем вопрос стоит.

В этом и вопрос - есть папки en de, а где должна лежать физически основная русская версия?

На Ваше усмотрение :)

Можете сделать третью папку ru и в ней складывать.

К примеру, на главной (в корне) можно сделать красивую флешку и переход к нужной языковой версии.

ПС. Склоняюсь к решению psylosss - так же бы построил бы на шаблонах. Установил бы язык по умолчанию, и если юзер-агент высказывает желание вначале сессии получить контент на другом языке - выдавал бы на запрошенном языке, без всяких поддиректорий.

Определитесь с дкфолтным языком, и всё станет ясно.

http://httpd.apache.org/docs/1.3/content-negotiation.html

Пример работы - страница, которую показвает Апач сразу после установки.

Живой пример - http://www.saminfo.ru/

Берем Файрфокс, Tools - Options - Advanced - Edit languages...

Добавляем en, ru, de, fr, далее пооочередно поднимаем языки наверх, релоадим страницу :)