Раскручиваю внутренние стр. а в поиске появляется только главная

В этом плане яндексу видней. Потихоньку раскручивайте и главную по этим запросам. Только от прокачки внутренних все равно не отказывайтесь.

Ну значит есть проблема, если Яндекс видит релевантной морду. Ищите проблему. Переспамили ключами, накупили "чудо" ссылок на внутряк. Или как вариант, ранее по этому запросу двигалась морда, осталась куча ссылок ведущих на морду.

Ссылочного в любом случае должно быть на порядок больше на внутреннюю, чем на главную в таком случае. Да и зачем по одним и тем же запросам и глвную и внутреннюю крутить?

А если главная СЧ или ВЧ продвигается, а внутренние по НЧ. И эти НЧ "вылезают" на морде?:)

Этих нч нет на главной странице, но они вылезают в топ? Имхо приоритет будет на страницу где есть точное вхождение и хоть какое-то ссылочное.