как влияют метки?

Трафик на метки шёл?

Яндекс метки видит ни как облако а тупо как сброд ссылок, так что тут не факт что он их оценивает как плюс.

Если трафик шёл на ссылки с тэгами, тогда дело конечно в этом. Если нет - тогда не в них.

В общем случае тэги лучше закрывать от индексирования, т.к. контент, выводимый по таким ссылкам, может частично или полностью дублироваться, чего поисковики не любят.