504 Gateway Time-out

можешь 200

Поставил 200 М не помогает

и еще если скрипт отрабатывает очень долго, то он просто может отпасть по таймауту

возможно надо Timeout в апаче поднять и max_executio_time в пхп

ставлю 300, но не проходит столько времени и опять БЭД гетвей

Для начала нужно проверить, может сайт досят.

Тогда проблема решится простым банном IP с которых досят.

Посмотрите файл access.log может визуально увидите множество досящих IP

Лучше это сделать с помощью какого то анализатора.

Например webalizer.

а уведомление о том, что рекомендации могут быть неоптимальными из-за слишком малого времени накоппления статистики скрипт разве не написал?

tmp_table_size (> 96M) и max_heap_table_size (> 180M)

нет смысла делать большими. скрипт не может точно узнать по какой причине увеличивается число сортировок на диске и делает предположение, что это происходит из-за малого размера этих переменных.

но часто это не так - ряд типичных запросов всегда выполняет сортировку на диске.

Уже не знаю как бороться(

закройте фаерволом доступ от всех.

Оставьте доступ лишь со своего IP.

Проверьте будет ли работать.

iptables -I INPUT -s вашIP -j ACCEPT

iptables -I INPUT -s IPсервера -j ACCEPT

iptables -A INPUT -j DROP

а потом как на место все это поставить обратно?

iptables -F INPUT