MYSQL 2 запроса объеденить в 1

Если брать запрос в виде IN() и ряд запросов в виде рекурсии, то IN выигрывает, ибо только один раз пхп дёргает базу. Но при этом сами запросы по сути выполняются.

При этом нужно учитывать, что может и какая-то оптимизация будет. Т.е., если резюмировать, то можно сказать, что in лучше, но он не идеален.

А для деревьев есть свои алгоритмы (в более продвинутых базах есть встроенные механизмы, а вот с mysql такого нет) - те же Nested Sets и другие. Каждый из которых имеет свои недостатки и преимущества - например, нужно смотреть, что превалирует вставки или выборки.