интернет-индексе 1URL

Проверьте тут

Напишите нам результаты.

Проверил.

41% страниц в основной выдаче

Где вы это посмотрели в WMT? Что показывает site: ?

Вполне себе показатель.

Как не банально звучит, но нужно смотреть на уникальность текста, точнее даже на сам контент (его качество и объем), на тех страницах которые отсутствуют.

Возможно закупить ссылок (не обязательно сапа, можно и постовые) или перелинковать страницы сайта.

Поработать над страницами.

Но в WMT показано, что в интернет-индексе 1URL

или WMT нельзя доверять?

site: показывает почти все страницы.

Возможно WMT глючит.

Сайт который я привёл выше, как раз и анализирует с точки зрения "site:"

Итог. Доверяйте site:, а не WMT

Еще раз уточню, где вы смотрите в WMT? Там индекса, как такого, нет. Гугл сам рекомендует использовать site: для проверки. Внутренние ссылки - это не то, это структура вашей перелинковки.

Смотрю в разделе Файлы Sitemap.

И еще когда в WMT смотреть информацию о ключевых словах, то показано, что все они находятся на вот такой странице http://www.site.com.ua/index.php?option=com_search&Itemid=99999999&searchword=%D0%BF%D0%BE%D0%B8%D1%81%D0%BA...&searchphrase=any&ordering=newest&limit=5&limitstart=0

Что это за адрес такой? И откуда он взялся?

Такое показано в домене с www. , в домене без www все ключевики на нормальных страницах.

Может из-за этого 1 страница в интернет-индексе.

Скорее сайтмэп лажовый. А с этой ссылкой - глюк. Истина - это site:

У вас редирект 301 настроен с www и без?

Без редиректа. А это плохо???Сервисы говорят что они склеенные, но Гугле так не думает наверное.